Do zadań Pełnomocnika ds. Ochrony Informacji Niejawnych należą sprawy związane z ochroną tajemnicy państwowej i służbowej, a w szczególności:

1) zapewnienie ochrony informacji niejawnych,

2) ochrona systemów i sieci informatycznych,

3) zapewnienie ochrony fizycznej Urzędu,

4) kontrola ochrony informacji niejawnych oraz przestrzegania przepisów o ochronie tych informacji,

5) okresowa kontrola ewidencji, materiałów i obiegu dokumentów,

6) opracowanie planu ochrony Urzędu i nadzorowanie jego realizacji,

7) szkolenie pracowników w zakresie ochrony informacji niejawnych,

8) przechowywanie akt zakończonych postępowań sprawdzających, prowadzonych w odniesieniu do osób ubiegających się o stanowiska lub zlecenie pracy, z którymi łączy się dostęp do informacji niejawnych stanowiących tajemnicę służbową,

9) prowadzenie wykazu stanowisk pracy i prac zleconych oraz osób dopuszczonych do pracy na stanowiskach, z którymi wiąże się dostęp do informacji niejawnych.